생물정보학과 정밀의학

이항 분포로부터 포아송 분포를 유도할 수 있다. 포아송 분포는 다음과 같은 상황에서의 이항 분포의 근사식이라고 할 수 있다. 가정: 확률 $\theta$ 는 작고 시행횟수 $ n $ 은 매우 클 경우 $ \lambda = n\theta $ 로 둔다. 여기서 우리가 알아야 할 것은 $ n $ 은 무한으로 발산하고 $ \theta $ 는 0으로 수렴하고 있다보니 $ \lambda $ 는 어떤 상수에 수렴할 것이라는 것이다. 그리고 이항 분포 $ Bi(x|\theta, n) = {n \choose x}\theta^x(1-\theta)^{n-x} $ 임을 알고 있다. 그럼 여기에서부터 포아송 분포 유도를 시작한다. 다음 식과 같이 이항 분포를 전개하면 $$ \begin{matrix} Bi(k|\theta,n) ..

통계 2023. 7. 9. 08:58

bing 에게 물었다. "The concept of MDS and what is the difference between PCA and MDS" 아래는 그 답이다. In this blog post, I will explain the concept of multidimensional scaling (MDS) and how it differs from principal component analysis (PCA). Both methods are used for dimensionality reduction, which means transforming a high-dimensional data set into a lower-dimensional representation that preserves some o..

통계 2023. 5. 25. 06:45

기본적인 아이디어는 여기에서 import logging logging.basicConfig(level=logging.INFO, datefmt="%m/%d/%Y %I:%M:%S %p", format="%(asctime)s:%(levelname)s:%(message)s",) logging.info("hello") grey = "\x1b[38;20m" yellow = "\x1b[33;20m" red = "\x1b[31;20m" bold_red = "\x1b[31;1m" reset = "\x1b[0m" logging.info(f"{yellow}hello{reset} world") 하면 다음과 같이 나온다.

컴퓨터관련 쪽지 2022. 12. 3. 10:36

vscode 에서 python, pytest, pylint 등을 설정하면서 생긴 파일들이다. 일단 나의 기억에 도움이 되고자 아래에 적는다. 프로젝트 디렉토리 아래에서 .env PYTHONPATH=src VSCode 내에서 src 와 test 디렉토리가 나뉘어져 있을 때 src 디렉토리를 인식하기 위해서 필요했던 것으로 기억한다. .pylintrc $ pylint --generate-rcfile 기본적으로 위 명령어를 이용해서 만든다. 그런 다음 pylint 에서 src 등을 못 찾아서 경고등을 낼 수 있으므로 .pylintrc 내 init-hook='import sys; sys.path.append("./")' 에서 그러한 디렉토리들을 import 해준다. 그리고 무시하고 싶은 경고들은 disable ..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 11. 5. 15:47

Azure Functions 를 이용해서 httptrigger 이벤트를 처리하는 기능을 만들어 Azure 에 배포까지 완료하였다. 그런데 로컬 테스트에서는 작동하던 기능들이 작동을 하지 않는 경우가 있다. 이럴 때 모니터링을 통해서 서버에서 일어난 로그를 확인할 수 있다. 우선 portal.azure.com 에 들어가서 Function 을 찾는다. 그런 다음 자신이 만든 function app 이름이 나온다. 이것을 누르면 function app 내의 각종 function list 가 나오고 그중에 하나를 클릭한다. 나의 경우 requests 모듈을 virtualenv 를 이용하여 pip로 설치하였는데 requirements.txt 에 넣지를 않아서 생긴 문제이다. requirements.txt 에 해당..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 8. 28. 13:13

기본 세팅 방법은 https://uaremine.tistory.com/9 Python으로 Azure에 Serverless 웹 구축하기 - 3. Flask 앞에서 Visual Studio Code 가 만들어주는 샘플 코드를 Azure에 올려서 Functions App 을 만드는 것까지는 해봤으니 이제 Flask 어플리케이션을 올려보도록 하자! Request URL : host.json 과 function.json 그 전.. uaremine.tistory.com 를 보고 따라 하였다. 다만 나의 경우 host.json 과 function.json 을 건드리지 않았다. 위 블로그와 똑같은 이름으로 된 helloWorld 파일을 우선 VSCode 에서 생성한다. 위 그림에서 번개모양 Creat Funtions ..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 8. 27. 11:30

기본적인 것은 https://dev.to/adamlombard/how-to-use-the-black-python-code-formatter-in-vscode-3lo0 VSCode: Using Black to automatically format Python How to configure the Black Python code formatter in VSCode dev.to 을 참조하였다. 다만 나의 경우 차이점은 WSL Remote Server 에 설정을 하였다는 것이다. 이 경우 settings.json 은 $HOME/.vscode-server/data/Machine 에 저장이 되고 다음 두 줄이 추가 된다. "python.formatting.provider": "black", "editor.forma..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 8. 26. 14:11

Serverless 를 이용해서 내가 원하는 결과를 Azure 위에서 http event 발생했을 때 바로 실행 할 수 있다. 당연히 Azure 에 구독 (subscription) 이 있어야 한다. 기본 방법은 QuickStart https://docs.microsoft.com/en-us/azure/azure-functions/create-first-function-vs-code-python 를 참조한다. 이 글에서는 위 Quickstart 문서를 바탕으로 만들었을 때 내가 원하는 module 을 만들어서 import 하여 사용할 경우를 정리한 것이다. $ tree . ├── __init__.py ├── __pycache__ │ ├── __init__.cpython-38.pyc │ └── predicto..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 8. 26. 13:53