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Python8

python list sorted 사용 시 내 마음대로 우선 순위 정하기 기본적으로 python sort 에 대한 문서는 아래를 참고한다. docs.python.org/ko/3/howto/sorting.html 정렬 HOW TO — Python 3.9.2 문서 정렬 HOW TO 저자 Andrew Dalke와 Raymond Hettinger 배포 0.1 파이썬 리스트에는 리스트를 제자리에서(in-place) 수정하는 내장 list.sort() 메서드가 있습니다. 또한, 이터러블로부터 새로운 정렬된 리스트를 만 docs.python.org 이 글에서는 내가 원하는 우선순위를 가지고 python list 를 정렬하는 방법을 설명한다. 알아야 할 것은 sorted() 함수와 key 아규먼트이다. 해결하고자 하는 상황: 다음과 같은 list 가 있다. mylist = [("a",1),.. 2021. 3. 30.
vscode 에서 pylint 사용 나의 경우 다음과 같은 경로를 가지고 있다. 이러한 상황에서 pylint 를 활성화 하면 test_*.py 에서 src 아래의 파일들을 경로를 찾지를 못한다. 이는 PYTHONPATH 에 src 가 들어가 있지 않기 때문이다. $ tree src test -L 1 src ├── __init__.py ├── details.py └── oneline.py test ├── test_details.py └── test_oneline.py 이를 위해서 .pylintrc 를 생성하고 init-hook='import sys; sys.path.append("./")' 를 해주면 문제가 해결 된다. .pylintrc 생성 ]$ pylint --generate-rcfile > .pylintrc PYTHONPATH에 roo.. 2021. 3. 24.
[Azure, jupyter] Azure 클라우드에서 jupyter 서버열고 외부에서 접속하는 방법 X를 이용하여 X forwarding을 하면서 분석을 할 수도 있지만 jupyter를 이용하여 접근하는 것이 더 깔끔할 것 같아 설정해 보았다. 우선 conda 를 이용해서 jupyter-lab을 설치한다. 그다음 jupyter 설정 파일을 만든다. jupyter-lab --generate-config jupyter_lab_config.py 를 실행한다. 이렇게 해서 jupyter 용 configure 파일을 만든 다음 config.py 에서 다음을 변경한다. '*'는 모든 ip 로부터의 접근을 허용한다는 의미이므로 ip를 제한하고 싶으면 해당 ip 만 적어주도록 한다. ## The IP address the Jupyter server will listen on. # Default: 'localhost'.. 2021. 3. 22.
[pandas, matplotlib] bed 파일을 읽어 들여서 모두 한번에 line plot 하기 코드 import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt import glob def gen_readcnt_df(file_list): """ file_list: bed 파일에 대한 리스트 bed file 형식: chrname시작끝영역내read의 갯수 특별히 bed 에는 header 행은 없는 상태임 """ res = None for bed in file_list: colname = bed.split("/")[-1].split(".")[0] aa = pd.read_csv(bed, sep="\t", header=None, index_col=(0,1,2), names=("chrn","init","end",colname)) if res is None: res = aa e.. 2021. 3. 22.

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