생물정보학과 정밀의학

일단 코드를 보자 data = { "key1": {"subkey1": {"value1": "100", "value2": 20}}, "key2": {"subkey1": {"value1": "20", "value2": 10}}, } ## value1 의 값중 최대값은 문자열이므로 "20" 이고 반환은 "key2" 를 한다. max_key1 = max(data, key=(lambda x: data[x]['subkey1']["value1"])) ## value2 의 값 중 최대값은 자연수 20이고 반환은 key1을 한다. max_key2 = max(data, key=(lambda x: data[x]['subkey1']['value2'])) 위 코드에서 max() 함수에 data 라는 이름의 사전을 넣어준다. 이..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 4. 1. 01:01

기본적으로 python sort 에 대한 문서는 아래를 참고한다. docs.python.org/ko/3/howto/sorting.html 정렬 HOW TO — Python 3.9.2 문서 정렬 HOW TO 저자 Andrew Dalke와 Raymond Hettinger 배포 0.1 파이썬 리스트에는 리스트를 제자리에서(in-place) 수정하는 내장 list.sort() 메서드가 있습니다. 또한, 이터러블로부터 새로운 정렬된 리스트를 만 docs.python.org 이 글에서는 내가 원하는 우선순위를 가지고 python list 를 정렬하는 방법을 설명한다. 알아야 할 것은 sorted() 함수와 key 아규먼트이다. 해결하고자 하는 상황: 다음과 같은 list 가 있다. mylist = [("a",1),..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 3. 30. 16:59

python unit test 를 pytest 로 이용할 때 내가 만든 스크립트에 대해서 test code 들이 모두 다 커버하고 있는지 확인할 필요가 있다. 이때는 pytest-cov 를 사용한다. 참조: Reporting — pytest-cov 2.11.1 documentation Reporting It is possible to generate any combination of the reports for a single test run. The available reports are terminal (with or without missing line numbers shown), HTML, XML and annotated source code. The terminal report without l..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 3. 25. 13:28

작업환경: Ubuntu 디렉토리 구조 . ├── src │ ├── __init__.py │ └── foo.py └── test └── test_foo.py 위와 같은 구조에서 아래와 같이 pytest 를 하면 바로 에러가 발생한다. $ pytest test/ =============================================================================================== test session starts =============================================================================================== platform linux -- Python 3.8.5, pytest-6...

컴퓨터관련 쪽지 2021. 3. 25. 02:13

나의 경우 다음과 같은 경로를 가지고 있다. 이러한 상황에서 pylint 를 활성화 하면 test_*.py 에서 src 아래의 파일들을 경로를 찾지를 못한다. 이는 PYTHONPATH 에 src 가 들어가 있지 않기 때문이다. $ tree src test -L 1 src ├── __init__.py ├── details.py └── oneline.py test ├── test_details.py └── test_oneline.py 이를 위해서 .pylintrc 를 생성하고 init-hook='import sys; sys.path.append("./")' 를 해주면 문제가 해결 된다. .pylintrc 생성 ]$ pylint --generate-rcfile > .pylintrc PYTHONPATH에 roo..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 3. 24. 11:39

인터넷이 대중화 된 것이 우리나라에서 1997년이다. 이때부터 수 많은 이메일 서비스들이 존재해 왔다. hotmail, hanmail, yahoo, netian, msn, paran 등등 내가 가입했던 이메일 서비스만 해도 이렇게 여러개인데 거의다 사라지고 아직까지 남아 있는 것은 yahoo 밖에 없다. hanmail 과 hotmail 은 한 때 이메일계를 호령하였으나 유료화 등등의 이슈로 결국은 사라지고 지금은 거의 gmail 을 사용하던가 naver를 사용하고 있다. yahoo 는 보안을 위해 요즘은 비밀번호 인증을 하지 않고 연동된 스마트폰 앱에서 로그인 허용을 하여 로그인을 하기 때문에 비밀번호를 사용하지 않는다. 하지만 outlook 에서는 여전히 비밀번호를 요구하고 있기 때문에 곤란한 문제가 ..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 3. 24. 10:47

X를 이용하여 X forwarding을 하면서 분석을 할 수도 있지만 jupyter를 이용하여 접근하는 것이 더 깔끔할 것 같아 설정해 보았다. 우선 conda 를 이용해서 jupyter-lab을 설치한다. 그다음 jupyter 설정 파일을 만든다. jupyter-lab --generate-config jupyter_lab_config.py 를 실행한다. 이렇게 해서 jupyter 용 configure 파일을 만든 다음 config.py 에서 다음을 변경한다. '*'는 모든 ip 로부터의 접근을 허용한다는 의미이므로 ip를 제한하고 싶으면 해당 ip 만 적어주도록 한다. ## The IP address the Jupyter server will listen on. # Default: 'localhost'..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 3. 22. 18:54

코드 import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt import glob def gen_readcnt_df(file_list): """ file_list: bed 파일에 대한 리스트 bed file 형식: chrname시작끝영역내read의 갯수 특별히 bed 에는 header 행은 없는 상태임 """ res = None for bed in file_list: colname = bed.split("/")[-1].split(".")[0] aa = pd.read_csv(bed, sep="\t", header=None, index_col=(0,1,2), names=("chrn","init","end",colname)) if res is None: res = aa e..

컴퓨터관련 쪽지 2021. 3. 22. 18:40